El municipio de Huaquechula se localiza en la parte centro Oeste del estado de Puebla. Sus coordenadas geográficas son los paralelos 18º 40'06" y 18º 51'48" de latitud norte y los meridianos 98º 21'18" y 98º 39'36" de longitud occidental. El municipio colinda al Norte con los municipios de Atzitzihuacan y Atlixco, al Sur con el municipio de Tlapanala, al Este con el municipio de Tepeojuma, al Oeste con el municipio de Tepemaxalco.

Extensión

Tiene una superficie de 223.25 kilómetros cuadrados que lo ubica en el lugar 53 con respecto a los demás municipios del estado.

Orografía

El municipio pertenece casi en su totalidad, morfológicamente, al valle de Atlixco; la cota 1500, al Suroeste, marca el límite artificial con el valle de Matamoros.

Por pertenecer a un valle que desciende de las laderas de la Sierra Nevada, el terreno marca un ligero declive de norte a sur de 1700 metros sobre el nivel del mar a menos de 1500; es decir, es un declive suave pero constante.

Al Este se identifica una zona montañosa que culmina en el cerro el Metate.

Hidrografía

Por su configuración y ubicación geográfica, el municipio es bañado por varios ríos permanentes que lo cortan de Norte a Sur; todos ellos son ríos que descienden de la Sierra Nevada, destacando el río Grande, Ahuehuello, Matadero, Atila y Nexapa.

Así también pueden identificarse un sistema de canales, sobre todo al Noreste.

Clima

En el municipio pueden identificarse dos variantes de climas semicálidos y uno cálido.

Clima semicálido subhúmedo con lluvias en verano, se presenta en la mayor parte del municipio, excluyendo el Noreste y Suroeste.

Clima cálido subhúmedo con lluvias en verano, se localiza en un área restringida al Suroeste.

El municipio presenta una temporada menos lluviosa dentro de la temporada de lluvias, denominada sequía de medio verano; presenta de 80 a 120 días nublados al año y más de 180 días despejados; de 5 a 15 días con tempestades y de 10 a 30 días con heladas.

Principales ecosistemas

El municipio presenta una gran diversidad en cuanto a la vegetación y el uso del suelo, íntimamente relacionado con la diversidad edafológica que existe.

Se pueden identificar áreas dispersas de selva baja caducifolia, relacionada con vegetación secundaria arbustiva, así como una área más o menos considerable de palmares al Noroeste.

Así también existen áreas de matorrales encinosos al oeste, y áreas aisladas al noroeste, por último, se observan áreas reducidas con pastizal inducido. En relación a la fauna encontramos conejo, ardilla, zorrillo y venado.

Recursos Naturales

Se tiene diversidad en vegetación y forestales pero no hay explotación.

Características y uso del suelo

El municipio muestra una gran variedad, pues se identifican cuando menos 3 grupos.

Rendzina: Se localiza en una área considerable al Este. 
Feozem: Se encuentra en cuatro áreas, al Noreste, centro extremo Sureste, y centro-sur. 
Litosol: Se presenta en pequeñas áreas dispersas por todo el municipio.